PyMOL - Download

La roba buona

Amico, la modalità cartone animato è pazzesca. Carichi un file PDB, ad esempio una proteina spike del coronavirus, e all'improvviso quelle catene disordinate si trasformano in eliche e fogli lisci. È come osservare una proteina ripiegarsi in tempo reale. E il trucco della trasparenza? È possibile rendere semitrasparente la superficie di una proteina in modo da poter effettivamente vedere una molecola di farmaco nascosta all'interno di una tasca legante. Questo è oro per presentazioni o documenti. L'ho usato per mostrare a una professoressa come una mutazione interrompe un'interazione chiave: ha detto che era la visualizzazione più chiara che avesse visto in tutto il semestre. Inoltre, la capacità di scrivere script in Python è una gemma nascosta. Ho scritto un breve script per colorare automaticamente i residui tramite carica e, boom, fatto. Non è necessario fare clic sui menu per 20 minuti.

Il non-così-buono

Sì, è gratuito, il che è sorprendente, ma l'interfaccia non è invecchiata bene. Sembra qualcosa del 2008: molti menu, comandi criptici e zero suggerimenti. Se non hai già familiarità con la modellazione molecolare, la prima ora è pura frustrazione. Anche la documentazione è scarsa. E sebbene gestisca tonnellate di tipi di file, l'apertura di alcune mappe volumetriche può bloccarlo se il tuo sistema non è robusto. Inoltre, nessun tutorial integrato. Fondamentalmente sei gettato nel profondo. Quindi, se stai solo cercando un rapido visualizzatore di modelli 3D, questo potrebbe non essere adatto a te. È per le persone che hanno bisogno di precisione, non di comodità.

In conclusione

Se ti occupi di biochimica, biologia strutturale o anche solo di cercare di comprendere la struttura delle proteine ​​per un corso, PyMOL - Download per Mac vale ogni secondo di configurazione. Non è carino, non è facile, ma è preciso. Ed è gratuito. Quindi, a meno che tu non stia facendo i compiti di base, salta le app clickbait e vai direttamente a questo. È il vero affare.