PyMOL - Download

Quindi stai fissando un file PDB, cercando di dare un senso alla struttura di una proteina, e il tuo cervello urla "che cos'è questo?" È stato allora che ho contattato PyMOL. Non è appariscente, ma dannazione se non trasforma i dati molecolari disordinati in qualcosa di effettivamente leggibile. Stavo lavorando a un progetto che coinvolgeva una proteina virale e PyMOL ha reso molto più semplice vedere quali parti erano esposte e come si piegavano. La rotazione e lo zoom in tempo reale sono fluidi e il rendering con ray tracing? Sì, quelle ombre e quei riflessi fanno sì che le tue immagini finali sembrino legittime per documenti o presentazioni.

La roba buona

Il sistema di colorazione è il punto in cui PyMOL brilla davvero. È possibile evidenziare residui specifici, ad esempio tutte le istidine in un sito catalitico, con un solo comando. Ho usato l'opzione di colore "per catena" per separare le subunità in un complesso e all'improvviso la struttura non era più solo un blob. Ha cliccato. E gli strumenti di misura? Super preciso. Ho ricontrollato le lunghezze e gli angoli dei legami rispetto ai valori pubblicati e corrispondevano perfettamente. Inoltre, lo scripting con Python è un punto di svolta. Ho scritto uno script veloce per generare automaticamente viste laterali di una proteina da diverse angolazioni, facendomi risparmiare ore. Le opzioni di esportazione supportano PNG, PDF e persino animazioni, quindi puoi inserirle in diapositive o report senza problemi.

Il non-così-buono

Ok, siamo sinceri: all'inizio l'interfaccia è... intimidatoria. Quando lo apri, ti sembra di essere entrato nel laboratorio di qualcuno senza camice. Nessuna presa per mano. Ma onestamente, dopo aver curiosato per 15 minuti, inizia ad avere senso. Tuttavia, i principianti potrebbero perdersi a meno che non seguano un tutorial. Non esiste un menu di aiuto integrato che sia effettivamente utile, solo collegamenti a documenti che presuppongono che tu sappia già cos'è una rappresentazione di un "cartone animato". E sebbene sia gratuito, la curva di apprendimento significa che non è eccezionale per un uso occasionale. Se stai solo cercando di visualizzare una molecola una volta e andare avanti, ArgusLab (che è anche gratuito) potrebbe essere più amichevole. Inoltre, non è ottimizzato per touchscreen o macchine di fascia bassa: il mio vecchio laptop balbettava durante il rendering pesante.

In conclusione

Se ti occupi di istruzione, ricerca o studi di biologia molecolare, vale assolutamente la pena acquistare PyMOL - Download per Windows. È gratuito, ricco di strumenti a pagamento per la maggior parte delle app e la qualità dell'output è di alto livello. Aspettatevi solo di dedicare un po' di tempo a capirlo. Per chiunque lavori seriamente con proteine ​​o piccole molecole, è uno dei migliori strumenti gratuiti disponibili. Saltalo solo se stai semplicemente navigando o hai bisogno di qualcosa di semplicissimo. Altrimenti? Vai avanti e scaricalo. Ti ringrazierai più tardi.